几种特殊情形下增值税留抵税额的处理方法：
一、增值税一般纳税人经营地点迁移时增值税留抵税额处理
《关于一般纳税人迁移有关增值税问题的公告》(国家税务总局2011年第71号公告)规定：
(一)增值税一般纳税人(以下简称纳税人)因住所、经营地点变动，按照相关规定，在工商行政管理部门作变更登记处理，但因涉及改变税务登记机关，需要办理注销税务登记并重新办理税务登记的，在迁达地重新办理税务登记后，其增值税一般纳税人资格予以保留，办理注销税务登记前尚未抵扣的进项税额允许继续抵扣。
(二)迁出地主管税务机关应认真核实纳税人在办理注销税务登记前尚未抵扣的进项税额，填写《增值税一般纳税人迁移进项税额转移单》。《增值税一般纳税人迁移进项税额转移单》一式三份，迁出地主管税务机关留存一份，交纳税人一份，传递迁达地主管税务机关一份。
(三)迁达地主管税务机关应将迁出地主管税务机关传递来的《增值税一般纳税人迁移进项税额转移单》与纳税人报送资料进行认真核对，对其迁移前尚未抵扣的进项税额，在确认无误后，允许纳税人继续申报抵扣。
二、增值税一般纳税人资产重组中增值税留抵税额处理
《关于纳税人资产重组增值税留抵税额处理有关问题的公告》(国家税务总局2012年第55号公告)规定：
(一)增值税一般纳税人(以下称“原纳税人”)在资产重组过程中，将全部资产、负债和劳动力一并转让给其他增值税一般纳税人(以下称“新纳税人”)，并按程序办理注销税务登记的，其在办理注销登记前尚未抵扣的进项税额可结转至新纳税人处继续抵扣。
(二)原纳税人主管税务机关应认真核查纳税人资产重组相关资料，核实原纳税人在办理注销税务登记前尚未抵扣的进项税额，填写《增值税一般纳税人资产重组进项留抵税额转移单》。《增值税一般纳税人资产重组进项留抵税额转移单》一式三份，原纳税人主管税务机关留存一份，交纳税人一份，传递新纳税人主管税务机关一份。
(三)新纳税人主管税务机关应将原纳税人主管税务机关传递来的《增值税一般纳税人资产重组进项留抵税额转移单》与纳税人报送资料进行认真核对，对原纳税人尚未抵扣的进项税额，在确认无误后，允许新纳税人继续申报抵扣。
三、增值税一般纳税人清算注销时增值税留抵税额处理
(一)《关于增值税若干政策的通知》(财税[2005]165号)规定：一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。
(二)《企业所得税法》第八条和《企业所得税法实施条例》第三十一条的规定：企业发生的除企业所得税和允许抵扣的增值税以外的各项税金及其附加，准予在计算应纳税所得额时扣除。
因此虽然一般纳税人注销时留抵的增值税进项税额不予以退税，但在计算应纳税所得额时是准予扣除的。
(三)根据国家税务总局关于印发《中华人民共和国企业清算所得税申报表》的通知(国税函[2009]388号)，应将其填入《企业清算所得税申报表填报说明》附表二《负债清偿损益明细表》第9行“应交税费”中，并以此在清算申报表主表第二行“负债清偿损益”中反映。
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